菲律宾政府星期四(9月11日)对中国在南中国海争议海域斯卡伯勒浅滩(中国称黄岩岛、菲律宾称马辛洛克浅滩)设立自然保护区的计划提出强烈抗议，并表示只有菲律宾才有在这一区域设立环境保护区的“专属权力”。菲律宾国家安全顾问表示，中国并非旨在保护环境，而是为“最终占领寻找借口”。
菲律宾外交部星期四发表声明说，菲律宾“强烈抗议”中国最近批准设立所谓的“黄岩岛国家级自然保护区”。声明说，马辛洛克浅滩是菲律宾长期以来不可分割的一部分，菲律宾对其拥有主权和管辖权。因此，菲律宾拥有在其领土和相关海域设立环境保护区的“专属权力”。
菲律宾外交部说，菲律宾将对中国这一“不合法的且不被法律承认的”行动提出正式外交抗议，因为这明显侵犯了菲律宾基于国际法享有的权利和利益。
菲律宾敦促中国尊重菲律宾对马辛洛克浅滩的主权和管辖权，停止执行并立即撤回设立保护区的计划，并遵守其根据国际法承担的义务，特别是1982年《联合国海洋法公约》(UNCLOS)、2016年最终且具有约束力的南中国海仲裁案裁决以及2002年《南中国海各方行为宣言》(DOC)。
中国政府星期三宣布，中国国务院批复自然资源部关于报请新建“黄岩岛国家级自然保护区”的请示，同意新建这个自然保护区。根据中国国家林草局的公告，“黄岩岛国家级自然保护区”位于中国海南省三沙市，面积3523.67公顷，主要保护对象为珊瑚礁生态系统。
菲律宾通讯社星期四援引菲律宾国家安全顾问爱德华多·阿诺(Eduardo Ano)的话说，中国的做法“明显违法”。他还表示，中国的计划并非旨在保护环境，更多的是为北京控制斯卡伯勒浅滩寻找理由。同时担任菲律宾国家安全委员会主任的阿诺称：“这显然是为最终占领找借口”。
阿诺说：“讽刺之处显而易见：自2016年以来，有证据表明中国渔民大规模捕捞濒危物种并破坏珊瑚礁，这些行为甚至被仲裁庭(常设仲裁法院)在裁决中提及。如今却声称要管理他们自己破坏的生态系统，这种主张既自相矛盾又具有误导性”。
面对菲律宾的抗议，中国外交部发言人林剑在星期四的例行记者会上坚持说，“黄岩岛是中国固有领土，建立黄岩岛国家级自然保护区，是中方主权范围内的事。” 他还说，“中方不接受菲方的无理指责和所谓的抗议，敦促菲方切实停止有关侵权挑衅和肆意炒作”。
斯卡伯勒浅滩距离菲律宾吕宋岛西海岸约120海里，处于菲律宾主张的200海里专属经济区内。目前台湾、中国和菲律宾都宣称对斯卡伯勒浅滩拥有主权，但是在2012年后，中国实际控制着斯卡伯勒浅滩。
2016年，在中国缺席的情况下，海牙常设仲裁法院仲裁庭5名仲裁员一致裁定，在《联合国海洋法公约》下中国对南中国海自然资源不享有基于“九段线”的“历史性权利”。中国不接受、不承认该裁决。仲裁庭还认定中国在南中国海填海造岛，“给环境造成了不可挽回的损失”，并要求中国停止在南中国海的活动。
中国在南中国海的行动越来越咄咄逼人，中国与菲律宾在南中国海的冲突也时常发生。8月11日，在南中国海黄岩岛附近海域，中国一艘海警船与军舰在追逐菲律宾一艘巡逻舰时意外相撞。事发两天后，美国海军导弹驱逐舰“希金斯”号和濒海战斗舰“辛辛那提”号在距离该浅滩约30海里处航行时，遭到中国海军舰艇的跟踪。
多年来，美军一直在南中国海进行“航行和飞越自由”行动，挑战中国和其他国家对在南中国海进行无害通过(innocent passage)所施加的限制。
美国战争部长皮特·海格塞斯(Pete Hegseth)9月9日与中国国防部长董军举行视频会谈时指出，美国并不寻求与中国冲突，但将保护其在亚太地区的重大利益。